Η ιστορία του Αχαρναϊκού ξεκινά το 1939 όπου δημιουργείται ο Πάνθηρας Μενιδίου. Το 1957 μετονομάζεται σε Υπεροχή Νεαπόλεως και το 1959 σε Υπεροχή Μενιδίου . Το 1961 ακολουθεί η μετονομασία σε Αχαρναϊκός Α.Ο., την οποία έκτοτε φέρει ο σύλλογος. Το 1970 η ομάδα του Μενιδίου ανέβηκε στη Β’ Εθνική όπου έμεινε για πέντε χρόνια.
Το 1978 επέστρεψε στη Β’ Εθνική και πρωταγωνίστησε για μια 10ετια. Την περίοδο 2011-2012 αναδεικνύεται πρωταθλητής στη Δ’ Εθνική και την αμέσως επόμενη, 2012-2013, στη Γ’ Εθνική, κερδίζοντας, έπειτα από 25 χρόνια, την επάνοδο στη Football League, όπου αγωνίζεται μέχρι σήμερα.