Οι δυο ΠΑΕ της Super League 2 δεν τακτοποίησαν τις πρόσφυγες τους. Συγκεκριμένα, ο Ηρακλής δεν πλήρωσε τον πρώην ποδοσφαιριστή του, Μπόγκνταν Μάρα και η Παναχαϊκή τον πρώην παίκτη της, Στάθη Ρόκα. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα η SL2 να αφαιρέσει από τρεις βαθμούς σε κάθε ΠΑΕ.